无菌车间是车间既能达到无尘效果，又能达到无菌效果的一种新有名词。它是污染控制的源头。在工厂里，没有无尘室，污染敏感度高的零件不可能批量生产。被定义为具备空气过滤、优化、构造材料和组装的房间，其中特定的规定操作程序是控制空气悬浮微粒浓度，从而达到其规定的标准。
该车间是指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、细菌等之污染物排除，并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内，而所给予特别设计之房间。
无菌车间的生产要求：
1、总平面布置（布局）：建筑物、设备布局与工艺流程三者衔接合理，建筑结构完善，并能满足生产工艺和质量卫生要求；原料与半成品和成品、生原料与熟食品均应杜绝交叉污染。还应考虑生产工艺对温、湿度和其分工艺参数的要求，防止毗邻车间受到干扰。
2、高度：生产厂房的高度应能满足工艺、卫生要求，以及设备安装、维护、保养的需要。
3、占地面积：占地面积不能过小。包括主要原料处理、加工、内外包装等加工车间，不包括办公室、化验室、原辅料仓库及成品仓库。
4、地面材料：应采用无毒、防滑、易清洗消毒的硬质材料铺设，有一定的坡度，在较低处应安装有水封地漏，不得有积水；装修高度不低于墙裙。天花板应与风管、管道、灯具、风口等的安装脱开，光滑、无裂缝，易于清洗。
6，门窗材料：应选择耐受性好、自然变形小、制造误差小、容易控制缝隙、气密性好的材料，采用双层中空玻璃结构的双层窗，既节约空间、又节约能源，还可以避免玻璃窗结露引起霉变，造成污染；窗尽量采用大玻璃，这样可减少积灰点，又有利于清洁工作。
